臺灣大學是臺灣第一所全科大學，因此其學生自治的發展也最早，在民國卅六年，便陸續有各學院學生自治會的設立。其組織為全院同學組成會員大會，由其選出學生代表會和理事會，再選出代表會主席和負責行政工作的常務理事和各部門總幹事，主辦各學院的多項學生活動；在當時也準備籌設﹃學生自治會聯合會﹄，雖然也成立了組織，但是學校方面並不完全認同，僅當成是各學院學生自治會的聯繫組織。就已知的史料中顯示，這個組織僅以﹃學生自治會聯合會籌備處﹄的名義存在，其下也設有各部門，當時由法學院學生自治會新成立的﹃臺大學生新聞﹄，便改隸於聯合會學術股下。值得注意的是，當時各系並未都成立系學會，只有部分學系如農化系、農工系成立並有活動，而且系學會從開始和學生自治系統關聯就不大，較屬於學術性團體性質，此時的自治組織仍以學院級為主體。

民國卅八年，傅斯年校長鑑於一年級同學其生活性質相近，特為其成立一年級學生代表會，由各系錄取成績第一名同學為代表，是為一聯會之始。也是本校第一個採用由學生代表組成自治會的團體︵其他自治會均以全體同學為會員︶。同時期第一個宿舍自治會｜女一舍自治委員會也隨之成立。但是各學院自治會的改選卻發生困難，原因可能是全學院會員大會難以召開，使得傅校長召集原任各院自治會負責人，討論以後的做法，最後的結論是，將各學院學生自治會改組成如一代會的學生代表會，代替直接民意的學生自治會行使職權，學生代表由各系各班自行產生，再由學生代表會選出代會主席，自此確立了往後數十年臺大學生自治採用間接民主的代議制度。值得注意的是，當年在認定上學生代表會是﹃代行﹄學生自治會之職權，而實施上有困難的直接選舉制度才是正統的學生自治制度。

同時，傅校長也主動支持全校性自治團體的產生。但是當時由於政治風氣影響，許多同學因身受大陸時期學潮之害，反而害怕這樣的自治會成立之後其作為可能引起政府注意而有後遺症，但是傅校長仍然勸同學不必太緊張，主張全校性學生自治組織的成立可以提供校方興革意見，及為全校同學服務。因此正式成立了﹃各學院學生代表會聯合會﹄，由各學院學生代表會及一年級學生代表會各推選三名代表共廿一人組成，由其中選出正副主席與各部門正副總幹事，其行政組織稱為幹事會。此為臺大學生會的最早前身。

大約在民國四十四、五年前後，在當時就被簡稱為﹃代聯會﹄的﹃各學院學生代表會聯合會﹄，不知在何時全名中少了一個﹃會﹄字，變成了﹃各學院學生代表聯合會﹄，後來更變成了﹃學生代表聯合會﹄；當時的情形相當混沌不明，史料上也莫衷一是，校方的文件上仍沿用原來的名稱，但自時任代聯會主席的錢復先生起，其發佈的文件則用後面的名字。可能自這個時候起，各學院的學生代表開始共同參加代聯會的事務，制度上可能仍採用間接方式推選主席及各股總幹事，但是已經具有一個由全校學生代表組成的會議。之後便逐漸形成常態，代聯會主席每學期改選一次，而班代表除了參加院級代表會外，也同時是代聯會的學生代表，而院代會和代聯會間明確的隸屬關係亦隨之消失，成為彼此部分重複但各自不相連屬的自治團體。一直到民國七十五年，代聯會改採系代表來運作，而院代會仍沿用班代表制，才完全分離為不同的自治組織。

民國五十一年，代聯會主席任期從一學期改為一年。讓代聯會的幹部能以較長的時間來規劃學生事務。當時的代聯會，享有先天上的極度優勢，不管是人力或財力均為全校各社團之冠，史料上每屆列名的幹部均在一、二百人之譜，實際的工作人員更多達三、四百人，當時一年可以出版四期厚達一百餘頁的﹃臺大青年﹄，全校性的活動更幾乎由代聯會所包辦，可說是代聯會的全盛時期。這種情形持續了十年之久，而到民國六十年代，達到另一個高峰。 民國六十年是臺大學生社團活動史上的一個里程碑，由於學生活動中心的落成，使得新社團紛紛成立，而舊社團更有擴大其規模的空間。民國五十年代，學校中只有大學新聞、大學論壇和臺大青年等刊物，但六十年起，各學生社團都開始有刊物的出版，而由於當時又有我國退出聯合國及釣魚台事件，更令大學生開始和社會脈動結合，更進而省思原來的活動空間。當時最著名的事件是代聯會主席王復蘇先生，在學代大會中通過將﹃學生代表聯合會﹄改為﹃學生聯合會﹄，並修改章程主張普選代聯會主席，企圖恢復直接民主的學生自治會模式。但是卻遭校方否決，而在一個月後恢復原狀。而代聯會的實際權限是否在其後被校方縮減就不得而知。史料中看到的是﹃代聯會訊﹄開始出刊，並立刻取得和大學新聞並駕齊驅的地位。但是新落成的學生活動中心管理權，在由代聯會實際試行管理一年以後，便在學校以﹃成效不彰﹄的理由下，交給為此而新設的﹃學生活動中心幹事會﹄來運作。

民國六十年代，學生社團活動趨向多元化，而代聯會的活動也辦得更多。其中如﹃臺大節﹄系列活動、園遊會、學術性社團聯展、音樂季、科系聯展、開辦家教中心等均為首創。但是班代表大會的運作卻出現問題，除六十三年丁庭宇先生任內開成功過一次班代大會外，前後數年內每次開班代大會無不流會；每年的主席改選之所以出席能夠達到法定人數，是因為利用課外組主辦的﹃社團負責人及班代表研習營﹄期間，趁班代表都在時舉行改選大會所致。也因此，代聯會的行政一直便缺乏監督，頂多在代聯會訊上列個財務單以示負責；六十二年時，曾有創設﹃諮詢委員會﹄之議，由各系推派代表二人，組成如參議院的議會監督代聯會之運作，而視班代大會為眾議院的兩院制，是改革學代大會意見的開始；但是卻並未付諸實施，幾年下來情況依舊，到後期甚至出現冗員過多，活動萎縮的情形。直到七十一年管家義先生當選代聯會主席，才又開始思考代聯會組織架構的問題。

當時雖然有劉一德先生﹃普選事件﹄發生，因主張代聯會主席普選而被校方處分，但是在經過代聯會慎重的調查之後，仍然傾向於間接選舉的模式，但是建議學校將代聯會主席的改選日由原來的新學年開學後改成前一學年的六月期末，以及放寬參選人的平均成績必須八十分以上的限制；這二點後來均經校方採納，但另一點建議，希望讓全校同學均可登記參選代聯會主席，再由班代大會選舉，以免代聯會主席又要兼班代表太辛苦，卻被校方修正為每班要在班會會長外，再推選各班學生代表一名參加代聯會，這是學生代表專業化的開始。
　　
而當時民權初步學會成立，大力推行議事規則，因而逐步將代聯會的組織架構法制化。基於當時代聯會的間接民意模式，採取的是類似內閣制的﹃大會｜委員會制﹄架構，各部門幹部為大會的職員，班代表大會則成為代聯會的最高權力機構；其下的各委員會主席和職員共同組成執行部運作會務，代聯會主席則身兼執行部負責人和學代大會主席。這種模式一直延續到民國七十四年的李文忠事件後，才在一連串的校園抗爭活動中，讓同學們開始意識到代聯會的代表性問題和全校直選代聯會主席的可行性。更進而演化成將代聯會轉變成類似總統制的『學生會』制度之思考。

七十三學年度起，在大新社、大陸社等社團主導之以普選做訴求的多起抗爭活動，爭取學生自治的實踐，引發校方的壓制行動，更使得當時的校園情勢一度非常緊張。加上校外政治勢力的介入，使得原本單純的爭取學生自治權事件，演變成社會的大事。李文忠事件的發生便是一例，當時的學代大會早以九十四比零通過主席直選案，且當時主其事的學代林佳龍先生更規劃出完善的直選方案，但卻無法得到校方的善意回應，以致形成部分社團及個人不得不走向體制外抗爭一途。在當時整個社會環境正面臨轉型的情形下，學生在推動代聯會的改制時，採取和校外政治抗爭相類似的手段，甚至和社會上的政治改革運動結合，雖然有不得不然的苦衷；而校方也未能體察時代的潮流和學生的企求，而使衝突情勢急劇昇高；凡此種種，都為學生自治的道路，預埋下了不安定的種子。時至今日，即使學生早已使用理性的方式尋求自治事務的進步，但是不論是在和校方交涉時，或是向同學推廣自治理念時，雙方都還是免不了會有著不必要的疑忌和成見。這可能是當初主其事的雙方始料所未及的！

七十五年，為了要讓學生代表大會更專業化，也為了解決班代大會動輒三、四百人開會，不僅易於流會且不易議事的問題，學生代表改由以系為單位選舉學生代表，每滿一百人選出系代表一名，使學代總額降至一百四十人左右。此時新章程設計的代聯會制度才開始運作正常，卻因校方處理﹃五一一學生日﹄事件失當及將大新社之報導以審稿辦法停社一年，引發了體制外抗爭組織﹃自由之愛﹄運動，加以其中原本宣告要參選代聯會主席的兩名學代及另外七位主其事的同學，在﹃五一一學生日週年紀念﹄事件中，被學校記小過以致無法參選，更引發了全校同學一致同情主張普選的同學，七十六學年的代聯會主席，便由主張普選的陳志柔先生當選。而在他的任內，除了迫使學校同意普選制度外，更進一步藉此推動了學生會的成立。從民國六十年王復蘇主席開始，這一步跨了整整十七年之久才成功！而就整個學生會歷史來看，從學生自治會走到學生代表會再回歸直接民主的學生會，這一步更跨了近四十年之多！

學生會制度的設計，在改組後的學代大會中，出現了兩種對立的意見：由章程制定委員會所提出的草案中，主張仍然維持原來代聯會時期的內閣制﹃大會｜委員會制﹄架構，僅將由職員組成的執行部改成由普選的學生會長領導，並將功能強化，而做為會員代表大會的學代大會則仍為學生會的最高權力機關，有權要求會長執行大會通過的議案；但另有一部分的學代主張將學生會會長視為全校同學普選出的行政部門領導人，具有高度的行政裁量權；而學生代表大會則屬於具有制衡功能的立法部門，以監督會務和訂立法案為主，和行政部門的地位平行，加上負責仲裁糾紛的學生法官，基本上成為三權分立的絕對總統制，和代聯會時期的制度完全不同，後來經過一整年的爭執和討論，才終於將制度確定為後者。這雖然是學生自治史上的一大創舉，也成為國內各大學院校爭相仿效的對象；但是當時全憑一股熱情，倉促改組的作法，雖然有其實際上的苦衷，卻也造成了往後數年直至今日組織體系一直處於紛爭不斷而無法確立的困擾。七十七年首任學生會長羅文嘉先生選出後，面臨的是新法未訂，舊法不合的窘況，直到七十八學年度范雲女士任內才終於將學生會的根本大法｜﹃國立臺灣大學學生會自治規程﹄制定完成，並經全校同學複決通過。至此方脫離過渡時期的尷尬。

另外值得一提的，就是原來附屬於代聯會下的臺大青年社和代聯會訊社︵現在改名為學生報社︶，趁著組織架構改變時紛紛脫離學生會，成為獨立的新社團。不獨學生會如此，幾個發展良好的院代會訊社，如醫訊等刊物，也都開始在獨立。就歷史的觀點看，以前的的代聯會並不是社團，而是位階高於社團的自治組織，因此當然可以轄有附屬的社團以利傳承；但是在改組之前幾年，校方開始視代聯會為一普通社團，自然令其附屬社團的法定地位消失，所以這些社團的獨立實在是不得不然，否則無法取得正常的生存空間。但是在他們獨立出去後，學生會卻還是得發展自己的出版品及機關報，因此林奕華時代的學生時報、賴中強時代的臺大學生會訊都是；而獨立之後的發展是否會比較好，也是仁智互見。只是自民國四十年代創刊，五十年正式成社的臺青社，以及六十年成立的代訊社，在共存共榮三十年後，自此便和學生會分道揚鑣了。

學生會真正依照自治規程運作，是從七十九學年的第三屆會長林奕華女士開始。但是主導學生會改制的學生代表大會，則為因應體制的變化，而先行做了三項主要的變革：首先是設置議長，由學生代表互選產生，為立法部門的領袖；其次，再度縮小學代大會的規模，將學生代表的產生改為由學院為單位，每二百五十人選出一名學代，並開始設置研究生選區，將研究生納入學生會的服務範圍中；學代大會的總額數變成七十五人左右。第三項變革則是仿效美國國會的期中選舉制度，學代任期均為一年，但每半年改選一半的學代，主要是為了使大一新生能有機會在入校半年後就有參政權，解決代表會和民意的落差。第一屆院學生代表於七十八學年選出，可以視為新學生會立法機構運作的開始。

雖然自治規程已經通過，但是所有相關的附屬法規制定的速度卻十分緩慢。七十八學年通過修正學生代表選罷法，七十九學年度僅制定了學代大會組織辦法，八十學年度修正通過代聯會時期暫定之學生會會長選罷法和制定學生會行政部門組成及程序綱要，依照自治規程至少還有學生代表大會議事規則、學生會監察辦法、司法部門組織暨學生法庭設置及程序綱要、學生會財務管理辦法、學生會創制複決辦法等重要法規。到目前為止，由於這些法規尚未制定，致使相關問題出現時僅能依照代聯會時期的法規準用或依慣例來執行，因此，法規的加速制定應為學生會現今最重要的工作。

　　另外，由於校園情勢的改變，學校中形成社團、住宿生及一般同學三大學生社群。在代表社團界的自治組織｜﹃學生活動中心幹事會﹄運作不良而停止活動以後，校方準備再成立﹃社團委員會﹄取而代之；但是學生會基於全身為全校性學生自治組織的地位，及在規程中宣示有權協調各社團之共同事務，因此正在積極和校方及各社團協調由學生會來執行社團自治事務的可行性，希望能由學生代表大會的﹃社團委員會﹄來運作。此外，和住宿生自治組織的關係，則由於在歷史淵源上彼此不相連屬，但也希望維持良好的合作關係。再者，由於校方一貫仍對學生直接參與校務有相當程度的反對意見，某些攸關學生權益的重要會議仍排拒學生代表的出席
和列席，歷經多屆學生會長的努力仍不得要領，也是未來學生會在和校方
協調學生自治事務及學生權益時所要爭取的目標。